Сначала снимайте штатную сигнализацию (с ключа), затем нештатную. Постановка на охрану в том же порядке. Если штатная не нужна, не нажимайте кнопки на ключе. В описанном случае, если орет штатная, то нажав на кнопку, вы отключаете сигнал, но не снимаете с охраны. Нажав еще раз, снимете с охраны. Так что все работает нормально!