[abonis]

а как мне быть на АКПП?

С МКПП все проще. С АКПП то, как раз, самые большие проблемы.

Что до, что после прошивки, машина заводилась со 2 раза нормально, т.е. явно, что свечи не были залиты...

Мне кажется, что либо ЭБУ начинает рано обеднять смесь при правильном положении дроссельной заслонки, что маловероятно, либо, что более вероятно, неправильный алгоритм управления дроссельной заслонкой: не управляется вообще, рано начинает закрываться, и т.д.
Хотя могу ошибаться.