[Lunatic]

1. надо ли все цилиндры гильзовать - не обязательно
2. надо ли коленвал шлифовать, вроде он без видимых изъянов - если гладкий, то не надо.
3. надо ли менять 1 и 4 поршень, там в цилиндрах даже хонинговка сохранилась - не надо
4. надо ли менять коренные и шатунные вкладыши ,если вал без ремонта обойдётся - надо заменить все вкладыши.
5. и самый главный вопрос: из-за неправильного распыла форсунок похоже это всё произошло, при этом 3 и 4 форсы перебирал в мае месяце. - уже подсказали.

Сразу на замену
поршневые кольца, все вкладыши, полукольца, прокладки форсунок, болты крепления форсунок, прокладка ГБЦ, натяжитель цепи грм.

Проверь гидрокомпенсаторы.